- اقتراح السياسات المتعلقة بتطوير الخدمات التعليمية المقدمة للطلاب الموهوبين وذوي الإعاقة والكبار وطلاب المدارس السعودية بالخارج, ووضع أنظمة البرامج التعليمية واعتمادها.
ـ الإشراف على إعداد الخطة التشغيلية للبرامج التعليمية بإدارات التعليم بالتنسيق مع الجهات ذات العلاقة .
ـ الإشراف على إعداد الخطط التشغيلية والبرامج الخاصة للإدارات المرتبطة به, ومتابعة تنفيذها وتقويمها بعد إقرارها.
ـ الإشراف على مشاركة الوزارة في الأنشطة الطلابية مثل المعارض والمناسبات والأسابيع الثقافية ذات الجوانب التربوية والتعليمية والثقافية في الداخل.
ـ عقد الشراكات مع بيوت الخبرة المحلية والدولية للارتقاء بمستوى الخدمات المقدمة للطلاب.
ـ الإشراف على إعداد مشروع الميزانية السنوية لوكالة البرامج التعليمية, والمشاركة في توزيع البنود بعد اعتماد الميزانية مع الجهات ذات العلاقة.
ـ الإشراف على تحديد احتياجات التطوير المهني للعاملين بوكالة البرامج التعليمية وإداراتها بإدارات التعليم,
 ومتابعة تنفيذها مع جهات الاختصاص.
ـ الإشراف على إعداد التقارير الدورية عن نشاطات وإنجازات الوكالة ومعوقات الأداء فيها وسبل التغلب عليها ورفعها لنائب الوزير.
- إدارة أداء العاملين المستشارين ومديري العموم المرتبطين بوكالته وإعداد تقارير أدائهم الوظيفي.
ـ أي مهام أخرى يكلف بها في مجال اختصاصه من قبل صاحب الصلاحية.
ترتبط به الإدارات التالية:
1/مكتب وكيل الوزارة للبرامج التعليمية.
2/الإدارة العامة للتربية الخاصة .
3/الإدارة العامة للتعليم المستمر.
4/الإدارة العامة للمدارس السعودية بالخارج.
5/الإدارة العامة للموهوبين.